多彩な実験室を利用したり、学園内外の自然にふれあったり、活気ある理科授業を展開しています。中学１年生の生物の授業では学園内の自然を実際に歩いてのネイチャープログラムを実践。中学3年生からのスーパーサイエンスコースでは、米国カリフォルニア大学バークレー校で開発された科学教育プログラム（SEPUP）に基づき、様々なアクティビティーを行い理科的思考力を深めていきます。